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Lors de cette séance nous allons apprendre:

  1. A modifier ou créer des colonnes avec la fonction mutate

  2. A changer l’ordre des données dans un graphique


Préparation de l’environnement de travail

Tout d’abord ouvrez le projet R, créez un nouveau script R et préparez votre environnement de travail:

# Chargez la librairie `tidyverse` (aide: utilisez la fonction `library()`)


# Importer `burghardt_et_al_2015_expt1.txt` et mettez le dans un objet appelé `expt1`
#(aide: utilisez la fonction `read_tsv()`)


1. Modifier ou créer des colonnes avec la fonction mutate

La fonction mutate() permet d’ajouter de nouvelles variables (i.e. nouvelles colonnes) dans une table, ou de modifier des colonnes déjà existantes.

source de l’image

Par exemple, ajoutons une colonne leaf.length.cm qui va contenir la longueur des feuilles en cm. Pour cela nous devons créer une nouvelle colonne en utilisant la colonne leaf.length.mm qui existe dans la table.

# Créez une nouvelle table avec la colonne supplémentare  
expt1.cm <- mutate(expt1, total.leaf.length.cm = total.leaf.length.mm/10)

# Vérifier que la nouvelle colonne est bien là
colnames(expt1.cm)
##  [1] "plant_nb"             "genotype"             "background"          
##  [4] "temperature"          "fluctuation"          "day.length"          
##  [7] "vernalization"        "survival.bolt"        "bolt"                
## [10] "days.to.bolt"         "days.to.flower"       "rosette.leaf.num"    
## [13] "cauline.leaf.num"     "blade.length.mm"      "total.leaf.length.mm"
## [16] "total.leaf.length.cm"

Nous pouvons aussi créer et modifier plus d’une colonne à la fois, en les séparant par une virgule (,) dans la fonction mutate():

# Créez deux nouvelles colonnes
expt1.cm <- mutate(expt1, 
                   blade.length.cm = blade.length.mm/10,
                   total.leaf.length.cm = total.leaf.length.mm/10)

# Vérifier que les nouvelles colonnes sont bien là
colnames(expt1.cm)
##  [1] "plant_nb"             "genotype"             "background"          
##  [4] "temperature"          "fluctuation"          "day.length"          
##  [7] "vernalization"        "survival.bolt"        "bolt"                
## [10] "days.to.bolt"         "days.to.flower"       "rosette.leaf.num"    
## [13] "cauline.leaf.num"     "blade.length.mm"      "total.leaf.length.mm"
## [16] "blade.length.cm"      "total.leaf.length.cm"

Attention!! Si vous utilisez le nom d’une colonne déjà existante, vous allez la modifier et non créer une nouvelle colonne.

Exercice 1:

Créez une nouvelle colonne (blade.ratio) avec le ratio de blade.length.mm et total.leaf.length.mm

2. Changer l’ordre des données dans un graphique en utilisant des facteurs

Par défaut, les catégories dans un graphique sont ordonnées alphabétiquement. Bien souvent ce n’est pas l’ordre que nous voulons.

Par exemple, essayons de reproduire le graphique suivant:

filter(expt1, temperature==22, day.length==16) %>% 
ggplot(aes(x=genotype, y=days.to.bolt, fill=fluctuation)) +
  geom_boxplot()

Les génotypes ne sont pas dans le même ordre car ggplot a utilisé l’ordre alphabétique, même s’ils n’étaient pas dans cet ordre dans le tableau.

Afin de changer l’ordre nous devons utiliser un autre type de variable, les facteurs. Les facteurs sont des variables spéciales de type caractère pour lesquels nous pouvons définir des niveaux ( levels ), c’est à dire les modalités prédéfinies de cette variable. Ces niveaux sont les valeurs uniques de la variable auxquelles un ordre peut être attaché.

Nous pouvons convertir une variable en facteurs en utilisant la fonction factor():

# Convertissons genotype dans expt1 en facteurs:
factor(expt1$genotype)
##   [1] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##   [7] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [13] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [19] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [25] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [31] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [37] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [43] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [49] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [55] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [61] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [67] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [73] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [79] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [85] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [91] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [97] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
## [103] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
## [109] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
## [115] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
## [121] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
## [127] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
## [133] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [139] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [145] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [151] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [157] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [163] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [169] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [175] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [181] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [187] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [193] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [199] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [205] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [211] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [217] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [223] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [229] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [235] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [241] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [247] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [253] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [259] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    fca-6     
## [265] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [271] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [277] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [283] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [289] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [295] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [301] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [307] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [313] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [319] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [325] fca-6      fca-6      fca-6      flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [331] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [337] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [343] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [349] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [355] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [361] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [367] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [373] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [379] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [385] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [391] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [397] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [403] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [409] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [415] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [421] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [427] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [433] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [439] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [445] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [451] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [457] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [463] flc-3 FRI  flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [469] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [475] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [481] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [487] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [493] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [499] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [505] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [511] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [517] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [523] flk-1      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [529] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [535] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [541] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [547] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [553] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [559] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [565] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [571] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [577] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [583] fve-3      ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1      
## [589] ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1      
## [595] ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1      
## [601] ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1      
## [607] ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1      
## [613] ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1      
## [619] ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1      
## [625] ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1      
## [631] ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1      
## [637] ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1      
## [643] ld-1       Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1     
## [649] Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1     
## [655] Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1     
## [661] Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1     
## [667] Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1     
## [673] Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1     
## [679] Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1     
## [685] Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1     
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## [703] Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1      Ler-1     
## [709] Ler-1      Ler-1      Ler-1      prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI 
## [715] prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI 
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## [787] prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI 
## [793] prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI 
## [799] prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI 
## [805] prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI 
## [811] prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI 
## [817] prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI 
## [823] prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI 
## [829] prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI  prmt5 FRI 
## [835] prmt5 FRI  prmt5 FRI  vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [841] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [847] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [853] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [859] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [865] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [871] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [877] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [883] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [889] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [895] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [901] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [907] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [913] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [919] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [925] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [931] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [937] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [943] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [949] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [955] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## 10 Levels: Col Ama Col FRI fca-6 flc-3 FRI flk-1 fve-3 ld-1 Ler-1 ... vin3-4 FRI

Nous pouvons voir qu’il y a 10 niveaux, correspondant à chacun des génotypes, et qu’ils sont par ordre alphabétique.

Nous pouvons spécifier l’ordre des niveaux dans la fonction:

factor(expt1$genotype, levels = c("Ler-1", "fca-6", "Col Ama", "flc-3 FRI", "Col FRI", "ld-1", "flk-1",
                                  "fve-3", "prmt5 FRI","vin3-4 FRI"))
##   [1] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##   [7] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [13] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [19] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [25] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [31] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [37] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [43] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [49] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [55] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [61] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [67] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [73] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [79] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [85] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [91] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
##  [97] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
## [103] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
## [109] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
## [115] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
## [121] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
## [127] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col Ama   
## [133] Col Ama    Col Ama    Col Ama    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [139] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [145] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [151] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [157] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [163] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [169] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [175] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [181] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [187] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [193] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [199] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [205] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [211] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [217] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [223] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [229] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [235] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [241] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [247] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [253] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI   
## [259] Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    Col FRI    fca-6     
## [265] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [271] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [277] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [283] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [289] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [295] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [301] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [307] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [313] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [319] fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6      fca-6     
## [325] fca-6      fca-6      fca-6      flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [331] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [337] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [343] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [349] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [355] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [361] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [367] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [373] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [379] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [385] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [391] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [397] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [403] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [409] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [415] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [421] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [427] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [433] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [439] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [445] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [451] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [457] flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI  flc-3 FRI 
## [463] flc-3 FRI  flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [469] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [475] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [481] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [487] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [493] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [499] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [505] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [511] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [517] flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1      flk-1     
## [523] flk-1      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [529] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [535] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [541] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [547] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [553] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [559] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [565] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [571] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [577] fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3      fve-3     
## [583] fve-3      ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1      
## [589] ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1      
## [595] ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1       ld-1      
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## [943] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [949] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## [955] vin3-4 FRI vin3-4 FRI vin3-4 FRI
## 10 Levels: Ler-1 fca-6 Col Ama flc-3 FRI Col FRI ld-1 flk-1 fve-3 ... vin3-4 FRI

Maintenant que nous avons converti la variable ne facteur avec l’ordre des niveaux que nous voulons, nous pouvons l’utiliser pour représenter les variables catégoriques avec l’ordre que nous voulons dans un graphique:

mutate(expt1, genotype = factor(genotype, levels = c("Ler-1", "fca-6", "Col Ama", "flc-3 FRI", "Col FRI",
                                                     "ld-1", "flk-1", "fve-3", "prmt5 FRI","vin3-4 FRI"))) %>% 
  filter( temperature==22, day.length==16) %>%
  ggplot(aes(x=genotype, y=days.to.bolt, fill=fluctuation)) +
  geom_boxplot()

Nous pouvons aussi ordonner les génotypes en fonction de days.to.bolt. Pour cela nous utilisons la fonction fct_reorder() dans le package forcats (qui est inclus dans tidyverse)

  filter(expt1, temperature==22, day.length==16) %>% 
  mutate( genotype = fct_reorder(genotype, days.to.bolt)) %>% 
  ggplot(aes(x=genotype, y=days.to.bolt, fill=fluctuation)) +
  geom_boxplot()

Exercice 2

Représenter des violin plots de cauline.leaf.num pour les génotypes de background “Col”, colorés par la température et ce uniquement pour les plantes sans fluctuation de température et qui sont en jours longs (16 h).

Ordonnez les génotypes selon ces deux cas (un graphique par cas):

-1 Dans l’ordre suivant: “Col Ama”, “ld-1”, “fve-3”, “flk-1”

-2 Dans l’ordre de la valeur de cauline.leaf.num



Pour aller plus loin

Nous n’avons vu que quelques unes des possibilités pour modifier ou réorganiser des données dans un tableau avec les fonctions dans tidyverse

Afin de découvrir les autres fonctions et de comprendre comment les utiliser, referez vous aux anti-sèches:

antisèche pour la réorganisation de données

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