- Ce document va vous guider dans l’analyse des données, avec quelques questions vous indiquant quels graphique ou analyses faire.
- Pour votre rapport, vous allez travailler sur le fichier que vous avez créé dans la partie de ce module sur les bases de données. Si vous n’avez pas ce fichier, vous pouvez retélécharger le cours, où vous trouverez le fichier dataPRL.csv dans le dossier session3/data contenant les mesures de longueur de racine primaire pour plusieurs génotypes ayant poussé avec différents milieux de culture. Dans ce même dossier vous trouverez genotype.csv et milieu.csv qui contiennent les clés pour comprendre les codes des génotypes et milieux, respectivement.
- Vous devrez rendre un dossier contenant:
1. Le projet R que vous aurez créé
2. Un dossier data contenant les données.
3. Le script R contenant vos codes permettant de répondre aux questions. N’oubliez pas de commentez votre code (en utilisant #) pour aider à sa lecture, par exemple en ajoutant la question à laquelle le code répond avant celui-ci
4. Le rapport, au format pdf, contenant pour chaque question:
- Un explicatif ce que vous allez faire (quelle est la question biologique et comment vous allez y répondre).
- Le résultat obtenu par R (chiffres, tableau ou graphique).
Aide: pour sauver les graphiques et pouvoir les intégrer au rapport utiliser la fonction ggsave("mon_graphique.jpg") en remplaçant mon_graphique.jpg par le nom du graphique
- Et finalement une réponse à la question grâce au résultat des commandes.
N’oubliez pas d’indiquer les numéros étudiant de tous les membres du groupe au début du script ET du rapport
Envoyez l’ensemble du dossier zippé à sandra.cortijo@cnrs.fr (depuis votre email de l’université de Montpellier) au plus tard le 17/12/2021 à minuit. Si vous n’avez pas reçu de réponse de ma part accusant réception dans les 72h, contactez moi.
Tout d’abord créez un projet R, puis créez un script R et préparez votre environnement de travail:
# Chargez les librairies `tidyverse` et `ggpubr`
# Importer les données et mettez le dans un objet appelé `expt1`
#(aide: utilisez la fonction appropriée au type de donnée)Pour l’ensemble du projet, travaillez uniquement sur les données mesurées en 2019.
Aide: Filtrez le tableau pour ne garder que les lignes pour lesquelles annee est égal à 2019 et gardez le dans un nouvel objet (expt1_2019).
Combien y a t-il de lignes et de colonnes dans
expt1_2019?
Combien y a-t-il de génotypes? Lesquels sont-ils? Aide: Utilisez la fonction
unique()
Quelle est la valeur moyenne pour la longueur de racine primaire, pour l’ensemble de
expt1_2019? Quelles sont les valeurs minimales et maximales?
Y a-t-il des données manquantes?
Pour cette partie, travaillez uniquement sur les données mesurées pour les plantes ayant poussé sur le milieu C3 (qui est le milieu standard).
Aide: Filtrez le tableau expt1_2019 pour ne garder que les lignes pour lesquelles milieu est égal à “C3”.
Quelle est la moyenne de la longueur de la racine pour chaque génotype?
Aide : Sur le tableau filtré, groupez les individus par génotype, puis calculez la moyenne de la longueur de la racine pour chaque génotype
Quelle est la distribution de la longueur de la racine pour chaque génotype?
Aide : Sur le tableau filtré, faite un graphique de type violin, ou un boxplot (avec des points en jitter) de la longueur de la racine pour chaque génotype
Que pouvez vous conclure? Est-ce que la longueur de la racine primaire est différente dans certains génotypes (pour les plantes poussant dans le milieu de culture standard)?
Pour cette partie, travaillez uniquement sur les données mesurées pour le génotype Col-0.
Aide: Filtrez le tableau expt1_2019 pour ne garder que les lignes pour lesquelles genotype est égal à “Col-0”.
Quelle est la moyenne de la longueur de la racine pour les plantes ayant poussé dans chaque milieu de culture?
Aide : Sur le tableau filtré, groupez les individus par le milieu de culture, puis calculez la moyenne de la longueur de la racine pour chaque groupe
Quelle est la distribution de la longueur de la racine pour les plantes ayant poussé dans chaque milieu de culture?
Aide : Sur le tableau filtré, faite un graphique de type violin, ou un boxplot (avec des points en jitter) de la longueur de la racine pour chaque milieu de culture
Que pouvez vous conclure? Est-ce que la longueur de la racine primaire est différente dans certains milieux de culture pour le génotype Col-0?
Aide: L’information pour chaque milieu de culture se trouve dans la table milieu.csv
Quelle est la distribution de la longueur de la racine pour les plantes ayant poussé dans chaque milieu de culture, avec un sous graphique par génotype?
Aide : Sur le tableau expt1_2019, faite un graphique de type violin, ou un boxplot (avec des points en jitter) de la longueur de la racine pour chaque milieu de culture, en faisant des facets en fonction du génotype
Si possible ajoutez des résultats statistiques comparant les longueurs de racine primaire pour chacun des milieux de culture par rapport au milieu C3 (milieu standard).
Aide: Référez vous à la correction du BONUS de l’exercice 3 pour voir comment faire des tests statistiques pour les seules paires qui vous intéressent
Est-ce que certains génotypes sont plus affectés par le milieu de culture que d’autres pour la longueur de la racine primaire?
Quelle est la distribution de la longueur de la racine pour chaque génotype, avec un sous graphique par milieu de culture?
Aide : Sur le tableau expt1_2019, faite un graphique de type violin, ou un boxplot (avec des points en jitter) de la longueur de la racine pour chaque génotype, en faisant des facets en fonction du milieu de culture
Si possible ajoutez des résultats statistiques comparant les longueurs de racine primaire pour chacun des mutants par rapport à Col-0 (contrôle).
Aide: Référez vous à la correction du BONUS de l’exercice 3 pour voir comment faire des tests statistiques pour les seules paires qui vous intéressent
Est-ce que les différences de longueur de racine primaire entres génotypes sont plus marquées sur certains milieux de culture?